Sbarcato a Napoli nel 2000, su indicazione del tecnico suo connazionale Zdeněk Zeman, Marek Jankulovski, dopo tre ottime stagioni all’Udinese, viene acquistato per circa 11 milioni di euro dai rossoneri. Galliani lo insegue da due estati, e, nel 2005, preferendolo a un promettente gallese di nome Gareth Bale, lo strappa al club friulano, che ne detiene il cartellino.
“Janku”è il secondo acquisto stagionale del Milan di Ancelotti che, dopo il parametro 0 Johann Vogel, si assicura un calciatore duttile, utilizzabile tanto in difesa quanto sulla linea di centrocampo come ricambio dei non più giovanissimi Maldini e Serginho.
La sua prima stagione all’ombra della Madonnina è piuttosto tribolata, complice anche la frattura alla caviglia subita nel finale dell’annata precedente, che lo ha costretto a ritardare la preparazione estiva. Sono i due campionati seguenti che lo consacrano, pertanto, nel grande calcio europeo. Marek diventa, infatti, un titolare indiscusso nello scacchiere milanista, inanellando una serie di prestazioni convincenti impreziosite da gol decisivi (come quello contro l’Ascoli).
Ancelotti decide, sempre più spesso, di puntare su di lui, come accade nella finale della Champions League 2006-2007, vinta contro il Liverpool. Il 31 agosto 2007, Jankulovski realizza il gol, di certo, più importante della sua carriera: quello del momentaneo 2-1 nella finale di Supercoppa Europea contro il Siviglia, poi vinta dai rossoneri 3-1. La sua è una staffilata al volo di sinistro da posizione defilata che non lascia scampo all’incolpevole Palop e consente al Milan il sorpasso decisivo sugli iberici, in una notte che pareva essere, invece, iniziata storta.
Dopo il buon inizio di stagione, il ceco è costretto a fermarsi a causa di una lesione al menisco esterno del ginocchio destro, subita in campionato contro l’Empoli, e da lì inizia il suo lento ma progressivo declino, che lo porterà ai margini della squadra. Dopo aver rifiutato il passaggio ai cugini nerazzurri nello scambio con il brasiliano Mancini, nel 2011, decide di far ritorno al Baník Ostrava, che, 18 anni prima, lo aveva lanciato nel calcio. A metà stagione, dopo un nuovo infortunio al legamento crociato, si ritira dall’attività agonistica e, oggi, oltre a disputare qualche incontro con il Milan Glorie, si diletta a fare l’opinionista TV.